日本湿地学会では、毎年１回年次全国大会を開催しています。大会は2009年度に第１回を開催し、2020年度で第12回になります。日本湿地学会大会では、各地の湿地に関わる多様な関係者が集まり、湿地の保全や賢明な利用等について、文理を問わず広い分野の視点から議論がなされる点が最大の特徴です。大会は、毎回全国各地の湿地に関連する場所で開催し、公開シンポジウムや研究発表およびエクスカーションからなり、毎回2日間にわたり開催しています。